Un carattere specifico de La Civiltà Cattolica è il suo particolare rapporto con la Santa Sede.
Quando il fascicolo della rivista è ancora in bozze viene inviato alla Segreteria di Stato della Santa Sede per l’approvazione definitiva.
Quello che lega La Civiltà Cattolica alla Santa Sede è un rapporto di fiducia da parte di quest’ultima; mentre la rivista, in sintonia con essa, vuole svolgere un modesto servizio alla Chiesa, in particolare al Papa nel suo Magistero ecclesiale universale. Questo spirito di servizio è conforme a una rivista scritta da gesuiti, che sono legati al Papa da un vincolo particolare di amore e di obbedienza.