Un carattere specifico de La Civiltà Cattolica è il suo particolare rapporto con la Santa Sede.
Quando il fascicolo della rivista è ancora in bozze viene inviato alla Segreteria di Stato della Santa Sede per l’approvazione definitiva. Il giudizio riguarda essenzialmente tre punti:

1) la conformità degli articoli pubblicati sulla rivista con l’insegnamento ufficiale della Chiesa in materia di fede e di morale; per tale motivo alcuni articoli di particolare rilievo teologico e morale sono rivisti anche dalla Congregazione per la Dottrina della Fede o da altri Dicasteri competenti della Curia Romana;

2) la conformità o almeno la non sostanziale difformità con gli indirizzi seguiti dalla Santa Sede nei confronti degli Stati;

3) l’opportunità o meno di pubblicare taluni articoli in particolari situazioni.

Il lunedì che precede il primo e il terzo sabato del mese in cui La Civiltà Cattolica è pubblicata, il direttore della rivista è ricevuto in udienza in Segreteria di Stato: gli vengono comunicate le osservazioni fatte sul fascicolo e queste sono discusse per decidere quali devono essere necessariamente inserite nella rivista e quali invece sono lasciate al giudizio e alla prudenza del direttore.
Quello che lega La Civiltà Cattolica alla Santa Sede è un rapporto di fiducia da parte di quest’ultima; mentre la rivista vuole svolgere un modesto servizio alla Chiesa, in particolare al Papa nel suo Magistero ecclesiale universale. Questo spirito di servizio — che non è né servilismo né ricerca di favori (La Civiltà Cattolica non riceve finanziamenti dalla Santa Sede né mai i membri del collegio sono stati gratificati con nomine ecclesiastiche) —è conforme a una rivista scritta da gesuiti, che sono legati al Papa da un vincolo particolare di amore e di obbedienza.